一、基层管理者的作用没有得充分发挥　　企业的领导者往往从企业自身的发展要求出发，高度重视ISO9001质量管理体系的建立。从质量管理体系建立之初到运行，在人力资源、财务支出、运行环境上都给予了最大的投入和支持。他们自身对体系建立适用的标准和体系文件也都有一定的认识和理解，并有意识地按照体系要求有效地管理企业。但这是远远不够的。因为企业不是一个或几个人的企业，领导的这些前瞻性的意识和做法还需要基层管理者的桥梁和纽带作用带动广大职工共同认识到建立ISO9001质量管理体系对企业自身发展的重要意义。在企业ISO9001质量管理体系的实际运行过程中，基层领导作用发挥上往往会出现偏差，主要表现在：外审来了躲避(由内审员或有关管理人员迎接审核)、内审来了应付(同在一个单位都互相认识)、单位自查好处理(都是自己人)。
　　二、信息沟通不畅　　ISO9001质量管理体系本身就是职责清晰、权限明确、接口严密的运行系统。信息沟通的基础是各接口单位的职责划分，根据归口业务的范围和体系文件的规定，以电话、直接交流、开会等方式进行信息传递，同时做好相应的记录或证据的获取。实践中有些企业在质量管理体系运行过程中存在两种错误倾向，成为体系运行的最大阻力和障碍，一是没有切实履行体系规定的职责；二是没有及时将信息记录下来。前者造成了互相推诿、不负责任、不遵守体系文件中规定的各项要求，致使能办的事情拖着办、易办的事情变得难办、难办的事情不能办、基层能办的推到中层、中层能办的推到上层领导等等，严重违背了建立管理体系的宗旨，使管理体系的运行形式化。后者产生的根源在于传统工作习惯的惯性，没有养成一个勤记、勤查、敢于自我提高的良好工作风尚。　
　三、培训不到位　　ISO9001质量管理体系是一个逻辑严密、结构清晰、权限明确、自我完善、自我提高的企业管理模式，在实施过程中，真正体现了全员参与的原则，体现了管理不漏项、事事有人管、管事有绩效、时时在提高的原则，因此ISO9001质量管理体系的运行绝对不是一个人的事情，必须通过全方位、多层次、全过程的培训，人人养成经营、管理、工作离不开质量管理体系，质量管理体系时时指导企业经营、管理及其他工作的自觉意识，这是质量管理体系有效运行的第一保证。有的企业在培训过程中，往往只重视开始，不重视过程和结果，只重视决策层、管理层和内审员的培训，不重视一线员工的培训；只重视标准的学习，不重视企业体系具体文件的培训；只重视集中时间、地点的学习，不重视分散多层次的培训；只重视质量管理体系形式的内部审核，不重视ISO9001质量管理体系的绩效和持续改进。培训的层次、深度、持续性不够，更谈不上不良工作习惯的克服和质量意识的培养。　
　四、考核指标不细化，奖罚不到位　　ISO9001质量管理体系建立之初，必要的考核是促使标准与实践融合的催化剂。根据职责清晰、权限明确的要求，制定细化的考核标准，并根据考核的结果进行相应的奖罚，是体系运行的有力保证。有的企业尤其是集团企业层面的奖罚措施齐备，但对于二级和基层单位的奖罚则或是没有制定或是考核标准不细化。对体系运行中存在的问题，奖罚往往又采取偏重于奖励，要面子、讲和气，使必要的处罚缺失，其结果必然是“千里之堤，溃于蚁穴”，质量管理体系的运行也必然难以持久。